Die größte der kalifornischen Missionen hat Filmkarriere gemacht: Der Kirchenturm hat in Alfred Hitchcocks "Vertigo" von 1957 eine Hauptrolle gespielt. Bei seiner Ankunft hier im Jahr 1797 sprach Padre Fermín Lasuén diesen Ort der 15. kalifornischen Mission zu, die er nach Johannes dem Täufer benannte. 1800 lebten über 500 Indianer in der Mission und viele Gebäude waren errichtet worden. Leider liegt dieser Ort direkt am San-Andreas-Graben, sodass die Gebäude extrem erdbebengefährdet sind. So wurden auch die Kirche und einige andere Bauten durch mehrere Beben im Jahr 1800 beschädigt. 1803 begann der Bau einer prächtigen neuen Kirche aus Adobe-Lehmziegeln, die 1812 vollendet wurde. Eine Reihe von Bögen schmückt die Fassade der einstöckigen Quartiere der Padres innerhalb eines ummauerten Gartens. Heute befindet sich in diesem Gebäude ein kleines Missionsmuseum. Am Inneren fallen besonders die drei Kirchenschiffe auf, die durch mit Fresken verzierte Bögen voneinander abgegrenzt werden.