Das Diözesanmuseum für sakrale Kunst befindet sich im Hauptschiff um die Apsis der Neuen Kathedrale und zeigt Werke aus den Diözesen Vitoria und Álava (baskische Provinz). Neben romanischen Werken, mit denen der Rundgang beginnt, entdeckt man schöne gotische Bilder und interessante flämische Werke von Van der Goes (15. Jh., (Kreuzabnahme) und von Ambrosius Benson (Kreuzigung Christi). Sehenwert ist ferner eine schöne Sammlung von Goldschmiedekunst.