Die Königskapelle, ein Meisterwerk der Isabellinischen Gotik, ist ein Werk von Enrique Egas. Sehenswert im Innern ist das prachtvolle schmiedeeiserne Gitter von Bartolomé de Jaén. Es schließt das Querhaus ab, in dem sich die Grabmäler der Katholischen Könige und das ihrer Tochter Johanna der Wahnsinnigen und ihres Ehemannes befinden. Beachtung verdient auch das herrliche platereske Retabel des Hochaltars. Das Museum enthält Kunstschätze von unschätzbarem historischen Wert und eine außergewöhnliche Sammlung von Werken spanischer, flämischer und italienischer Künstler.